Pelyno kapsulės yra saugios, jei vartojamos laikantis rekomenduojamų normų ir ne ilgiau kaip 2–4 savaites iš eilės. Dėl tujono kaupimosi po kurso būtina padaryti bent dviejų savaičių pertrauką.
Vaikams iki 12 metų pelyno kapsulių vartoti nerekomenduojama dėl galimo poveikio nervų sistemai. Vyresniems vaikams šį papildą galima vartoti, bet tik su gydytojo rekomendacija, parenkant tinkamą dozę.
Taip, pelyno kapsulės gali sukelti alerginę reakciją žmonėms, jautriems astrinių šeimos augalams (pvz., kiečiui, ramunėlėms). Alergijos požymiai gali pasireikšti bėrimu, niežėjimu ar kvėpavimo diskomfortu. Pastebėjus simptomus, vartojimą būtina nutraukti.
Šalutinis poveikis dažniausiai būna lengvas – gali pasireikšti virškinimo diskomfortas, galvos skausmas ar pykinimas, ypač vartojant didesnes dozes. Per ilgas pelyno kapsulės vartojimas gali dirginti nervų sistemą dėl tujono, todėl svarbu laikytis rekomenduojamos vartojimo trukmės.
Pelyno kapsulėse yra tiksli dozė ir nėra kartaus skonio, todėl jas lengviau vartoti. Arbata leidžia reguliuoti stiprumą ir gali greičiau suaktyvinti virškinimą dėl tiesioginio kartumo poveikio. Abu variantai yra veiksmingi, todėl pasirinkimas priklauso nuo vartojimo patogumo ir skonio toleravimo.